S1線功能定位臺州中心城區南北向快速軌道通道和市區南向聯絡溫嶺、玉環的快速軌道通道，串聯頭門港區、臺州站、溫嶺站等重要綜合交通節點。S2線功能定位臺州市中心城區東西向快速軌道通道，串聯黃巖城區、臺州西站、椒江城區（臺州站）、臺州灣新區、金清、溫嶺東部新區、松門、石塘等重要區塊及場站，與S1線共同構筑了臺州市區十字快速軌道。S3線功能定位是臨海市中心城區與臺州市中心城區聯系的快速軌道交通通道，串聯起臨海站、臨海南站、臺州站等重要交通節點。

M線主要是服務“三區兩市”的軌道普線。M1線功能定位是連接黃巖城區、椒江城區的東西向軌道交通線；M2線功能定位是連接臺州西站、黃巖城區、路橋城區、臺州機場、臺州灣新區的東西向軌道交通線；M3線功能定位是連接江北新區、椒江城區、路橋城區、溫嶺市區的南北向軌道交通線；M4線功能定位是連接黃巖城區、院（橋）沙（埠）高（橋）區塊、鑒洋湖、路橋城區、臺州機場的軌道交通線；M5線功能定位是溫嶺市內部的一條東西向軌道交通線，串聯溫嶺東部新區、箬橫鎮、溫嶺城區、溫嶺站、大溪鎮等。

臺州市城市軌道交通近期實施的基本指導思想是：盡快形成以主城中心為核心向外放射的骨架線網，構建支撐城市向外拓展和服務城市客流為主的城市軌道交通主骨架，使臺州市具備滿足基本交通需求的線網規模，形成以軌道交通為骨干的公共交通網，支撐做大做強中心城區，支持和引導城市的發展。